Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde yapılan yeni görev dağılımı doğrultusunda, eski İstanbul Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan kritik birimlerin sorumluluğuna getirildi. Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı makamında bulunan Çalışkan; Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele Başkanlığı, Narkotik Başkanlığı, Terörle Mücadele Daire Başkanlığı ve Özel Harekat Başkanlığının yönetiminden sorumlu kılındı.
Çalışkan, İstanbul Emniyet Müdürü olarak görev yaptığı dönemde dönemin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı gerilimle gündemde yer almıştı. Bu kapsamda, Bakan Soylu’nun oğlunun kullandığı aracın polis kontrolünde durdurularak arandığı ve olayın akabinde gerçekleşen telefon aramasının Çalışkan tarafından meşgule alındığı öne sürülmüştü.
İkili arasındaki bir diğer uyuşmazlık ise Sedat Peker’e koruma polisi verilmesi meselesiyle bağlantılı olarak gündeme geldi. Peker, yayınladığı bir videoda Bakan Soylu’ya yönelik olarak şu ifadeleri kullandı:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Soylu, koruma tahsisatı konusunda Çalışkan’ın Terörle Mücadele Şubesi dönemine işaret ederken, ilgili resmi talimatta Çalışkan’ın imzasının yer aldığı öne sürüldü. Görevden uzaklaştırılacağı yönündeki iddialara tepki gösteren Çalışkan ise şu açıklamayı yapmıştı:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim
